Εξώφυλλο
 Χαιρετισμός προς κύριον Χριστόδουλον Κιρλιανόν
 Προς τους αναγνώστας
Επιγράμματα
 Κεφάλαιον Α΄.Περί Σελήνης
 Κεφάλαιον Β΄.Περί Αστέρων
 Κεφάλαιον Γ΄.Περί Πλανητών
 Κεφάλαιον Δ΄.Περί Γης
 Κεφάλαιον Ε΄.Περί των Ακολούθων τήι Γήι
 Κεφάλαιον ΣΤ' .Περί Ηλίου
 Κεφάλαιον Ζ΄.Περί Αέρος
 Κεφάλαιον Η΄.Περί Ύδατος
 Κεφάλαιον Θ΄.Περί Παλιρροιών ήτοι ρευμάτων της θαλάσσης
 Κεφάλαιον Ι΄.Περί Πυρός
 Κεφάλαιον ΙΑ΄.Περίτων αναθυμιάσεων της γης
 Κεφάλαιον ΙΒ΄.Περί Κατεχνιάς και συννέφων
 Κεφάλαιον ΙΓ΄.Περί Βροχής
 Κεφάλαιον ΙΔ΄.Περί Χιόνος και χαλάζης
 Κεφάλαιον ΙΕ΄.Περί Δρόσου και Πάχνης
 Κεφάλαιον ΙΣΤ΄.Περί Αστραπής και Βροντής
 Kεφάλαιον ΙΖ΄.Περί Ανέμων
 Κεφάλαιον ΙΗ΄.Περί των Πυρίνων Φαινομένων εν τω Αέρι
 Κεφάλαιον ΙΘ΄.Περί Μετάλλων
 Κεφάλαιον Κ΄.Περί Δένδρων και Φυτών
 Κεφάλαιον ΚΑ΄.Περί Σκωλήκων και Φλέτρων
 Κεφάλαιον ΚΒ΄.Περί Ψαριών και Οστρακοδέρμων
 Κεφάλαιον ΚΓ΄.Περί Πουλιών
 Κεφάλαιον ΚΔ΄.Περί Ανθρώπου Ζώων και ετέρων τινών
 Σημείωσαι
Είδησις
 Πίναξ

Το έργο του Ρήγα Φυσικής Απάνθισμα εκδόθηκε κατά το πρώτο ταξίδι του στη Βιέννη, το 1790. Χορηγός της έκδοσης είναι ο Μέγας Σερδάρης Χριστόδουλος Κιρλιάνος, τον οποίο ο Ρήγας συνοδεύει ως γραμματέας και διερμηνέας. Κατά δήλωση του συγγραφέα, για τη σύνταξη του βιβλίου χρησιμοποιήθηκαν γαλλικές και γερμανικές πηγές. Το έργο ανήκει, δηλαδή, στη μεγάλη κατηγορία των συμπιλημάτων, στην οποία ανήκουν τα περισσότερα επιστημονικά συγγράμματα του τέλους του 18ου και των αρχών του 19ου αιώνα (Γιάννης Καράς, Οι επιστήμες στην Τουρκοκρατία. Χειρόγραφα και έντυπα, τόμοι 3, Βιβλιοπωλείον της "Εστίας", Αθήνα 1992).

Σε πρόσφατη μελέτη (Δημήτριος Απ. Καραμπερόπουλος, "Η Γαλλική 'Encyclopedie' ένα πρότυπο του έργου του Ρήγα 'Φυσικής Απάνθισμα'",Ο Ερανιστής, 1997, 21: 95-128) τεκμηριώνεται η άποψη ότι, όσον αφορά τις γαλλικές πηγές, ο Ρήγας χρησιμοποίησε ως πρότυπο τη Γαλλική Εγκυκλοπαίδεια των Diderot και D' Alembert. Είναι γνωστό, εξάλλου, ότι και για τη σύνταξη της Νέας Πολιτικής Διοικήσεως(Βιέννη 1797) είχε χρησιμοποιήσει ως υπόδειγμα το Γαλλικό Σύνταγμα (Λέανδρος Βρανούσης, Ρήγας Βελεστινλής-Φεραίος, Άπαντα των Νεοελλήνων Κλασικών, τόμος 2ος, Αθήνα 1968 και Απ. Δασκαλάκης, Το Πολίτευμα του Ρήγα Βελεστινλή,έκδοσις νέα μετά προσθηκών, Αθήνα 1977). Την εποχή που συντάσσεται το Φυσικής Απάνθισμα, στον ελλαδικό χώρο κυκλοφορούν ήδη αρκετά αντίτυπα της Εγκυκλοπαίδειας. Ο Ρήγας βρίσκεται στο Βουκουρέστι και τελεί υπό την πνευματική καθοδήγηση του Δημητρίου Καταρτζή. Θεωρείται, λοιπόν, πιθανό ότι για τη συγγραφή του έργου του χρησιμοποίησε το αντίτυπο που βρισκόταν στη βιβλιοθήκη του μέντορά του και για το οποίο ο Καταρτζής έλεγε ότι από τότε που του το "έδοσ' ο Θεός δεν είχε πλέον χρεία από άλλο βιβλίον".

Το έργο Φυσικής Απάνθισμα επανεκδόθηκε το 1968 από τον Λέανδρο Βρανούση στη σειρά "Άπαντα των Νεοελλήνων Κλασικών", το 1971 από την Ένωση Ελλήνων Φυσικών στο πλαίσιο του εορτασμού των 150 χρόνων από την Ελληνική Επανάσταση και το 1991 από την Επιστημονική Εταιρεία Μελέτης "Φερών-Βελεστίνου-Ρήγα" για τον εορτασμό των 200 χρόνων από τη συγγραφή και έκδοση του έργου στη Βιέννη.